Es el responsable de planificar, organizar, dirigir, controlar y coordinar todas las actividades y proyectos del FLAR, así como velar por el cumplimiento de las estrategias fijadas por el Fondo para alcanzar sus objetivos.
El Director Ejecutivo del FLAR es elegido y evaluado por el Comité Administrativo y sirve de enlace, coordinación y representación de todas las actividades técnicas y administrativas del Fondo.
Desde abril de 2013 el Director Ejecutivo del FLAR es Eduardo José Graterol Matute. Sus antecesores fueron Gonzalo Zorrilla de San Martín (2005-2013) y Luis Roberto Sanint (1995-2005).
