La organización administrativa del FLAR está determinada por: el Comité Administrativo, los Comités Técnicos (Zona Tropical y Zona Templada) y el Director Ejecutivo.
Comité Administrativo
Es el órgano rector del FLAR y está conformado por un representante y un suplente de cada país y el CIAT, con derecho a voz y voto. x x
Comité Técnico
Es el responsable de establecer lineamientos y prioridades de investigación; está conformado por los mejoradores y técnicos de las entidades miembros del FLAR en cada país. x
Director Ejecutivo
Es el responsable de planificar, organizar, dirigir, controlar y coordinar todas las actividades y proyectos del FLAR, así como velar por el cumplimiento de las estrategias fijadas por el Fondo para alcanzar sus objetivos.
