El Comité Administrativo (CA) es el órgano rector del FLAR y está conformado por un representante y un suplente de cada país y el CIAT, con derecho a voz y voto, siempre y cuando se encuentren al día en sus obligaciones de pago de la cuota anual y las cuotas adicionales.
Los miembros del CA se reúnen dos veces al año para planear, discutir y analizar las actividades, proyectos y trabajos del FLAR. Asímismo, fijan las directrices y procedimientos de los aspectos administrativos, financieros e institucionales del FLAR. El CA es el encargado de elegir al Director Ejecutivo del FLAR.
Anualmente se eligen un Presidente y un Vice-Presidente del CA, con derecho a reelección, máximo por un año. En estos cargos están representadas las dos zonas de influencia del FLAR (tropical y templada).
