Para cumplir con sus preceptos de innovación en investigación y tecnología, el FLAR busca alianzas estratégicas con organizaciones que le permitan potencializar sus capacidades y las de sus miembros.
Desde la creación en 2010 de la Alianza Global para la Ciencia del Arroz, (GRiSP, por su sigla en inglés), ahora Programa de Investigación CGIAR (CRP) sobre sistemas agroalimentarios de arroz (RICE) una plataforma que reúne a los institutos de investigación en arroz más importantes alrededor del mundo, el FLAR ha estado involucrado en diferentes trabajos colaborativos que le han permitido compartir experiencias y conocimientos en torno a los temas de interés para ambas organizaciones: Mejoramiento genético, manejo de recursos naturales, cadenas de valor y sistemas agrícolas diversificados.
Asimismo, a partir de 2012 algunos miembros del FLAR y el CIAT unieron sus esfuerzos para conformar el Consorcio de Híbridos de Arroz para América Latina, HIAAL. Esta iniciativa permitió encarar un nuevo reto de investigación con el desarrollo de materiales híbridos que tendrán un impacto directo en la competitividad de aquellos que hacen parte del Consorcio.
