El Programa de Mejoramiento del FLAR para la Zona Tropical tiene como objetivo desarrollar y distribuir líneas mejoradas de arroz con características favorables para la producción de arroz en la región tropical, representada por miembros de Bolivia, Colombia, Costa Rica, Ecuador, Guatemala, Guyana, Honduras, México, Nicaragua, Panamá, Perú, República Dominicana y Venezuela.
En la actualidad el FLAR posee cientos de líneas élite disponibles para los socios en su Banco de Trabajo. Según sus necesidades particulares, los socios tienen acceso a cruzamientos y materiales segregantes hasta la generación F7. Hasta el momento, los miembros del FLAR en el trópico han liberado 48 Variedades de origen FLAR y las líneas que adelantan los socios en cada país prometen lanzamientos de nuevos cultivares en el corto plazo.