El Comité Administrativo es el órgano rector del FLAR y está conformado por un representante y un suplente de cada país y el CIAT, con derecho a voz y voto, siempre y cuando se encuentren al día en sus obligaciones de pago de la cuota anual del FLAR y las cuotas adicionales.
El comité se reúne dos veces al año para planear, discutir y analizar las actividades, proyectos y trabajos del Fondo. Además, es el encargado de fijar las directrices y procedimientos de los aspectos administrativos, financieros e institucionales del FLAR.
