El Comité Técnico (CT) es el responsable de establecer lineamientos y prioridades para el desarrollo de los proyectos y las actividades de investigación del FLAR y está conformado por los mejoradores y técnicos de los países miembros y el CIAT.
A su vez se divide en dos: Comité Técnico para la Zona Tropical y Comité Técnico para la Zona Templada. Dichos comités se reúnen una vez por año, donde cada miembro presenta los avances en mejoramiento genético, agronomía e híbridos, según sea el caso. También es una oportunidad de interacción y discusión sobre los principales temas de interés común.